西安交通大学医学部基础医学院医学工程研究所（原成立于1980年的西安医科大学医学电子工程研究室），1979年参与西安交通大学、西安医学院、第四军医大学和医科院生物医学工程研究所四个校院所联合培养生物医学工程研究生， 1986年获生物医学工程硕士授予权，是1995年西安医科大学首批四个重点学科之一。1987年西安医科大学成立生物医学工程系以及1994招收生物医学工程大专生后，医电研究室一直承担教学、科研双重任务。2000年合校后更名为西安交通大学医学院医学电子工程研究所，是西安交通大学生物医学信息工程教育部重点实验室的组成部分。2015年3月30日医学部基础医学院系、所调整更名为西安交通大学医学部基础医学院医学工程研究所。
现在的基础医学院医学工程研究所实际是西安交大和原西安医科大学合校前，原西安医科大学医学电子工程研究室和医工系还在医学部工作的老师组成，现有副教授2名，讲师4名，高级工1名。
目前该所除承担的各项科研课题外，还承担有制药工程专业的《电工电子学》、《过程控制基础》的教学和医学部本科生选修课《医用电子学》等的教学任务。
自研究所成立以来，该所共培养博士研究生5名，硕士研究生34名，参与生物医学工程大专生培养6届，并与美国Emory大学合办影像医学研修班3届， 《临床工程教育》项目1999年获美国中华医学基金会 资助。依托学校“211工程重点学科建设项目”和“985工程”创新项目平台建设，建成了《有源植入式治疗装置的核心技术和作用机制研究》的科研平台和心脏电生理研究用的电压敏感性光标测系统。发表论文数十篇，已授权国家发明专利5项，外观设计专利2项。承担科技部“863”专项课题一项，省“13115”科技创新工程重大科技专项一项，多项国家自然科学基金课题和横向课题。作为协作单位，参与军事医学计量“十五”课题一项，国家科技支撑计划课题一项。获得省、部级科技进步奖六项，国家教委优秀教材一等奖一项。
该研究所长期以来坚持以心脏起搏技术和心血管疾病诊断治疗技术为确定的科研领域和方向，充分发挥了其和临床及产业紧密结合的优势，形成了专业素质较高的科研队伍。进行了许多有成效的工作，获得了多项科研成果，在国内生物医学工程界有较高的学术地位和知名度。
该所于2004年研制出具有自主知识产权，技术指标达国际同类产品先进水平的QM2312起搏器专用电路和配套程控仪。2006年与陕西秦明医学仪器股份有限公司联合申报国家“863目标导向类专项课题”--《国产植入式心脏起搏器系列产品研制》。该项目的“QM2312单腔双极9程控心脏起搏器” 由协作单位陕西秦明医学仪器股份有限公司于2009年8月申报获准国家食品药品监督管理局（SFDA）注册，是国内目前唯一的一款具有自主知识产权并进入市场的国产心脏起搏器产品。该所研制的国产植入式心脏起搏器系列专用电路技术先后转由陕西秦明医学仪器有限公司形成心脏起搏器产品，其关键技术《植入式心脏起搏器专用电路关键技术及应用》2012年获 陕西高等学校科学技术一等奖，陕西省科学技术贰等奖。
依托以上技术和研究成果，该研究所在植入式心脏起搏器和功能电刺激装置工程技术研究方面建立了心脏起搏电路设计、封装与测试实验平台，自制了植入式心脏起搏器专用电路和整机的电性能测试系统。并建立了一个100平方米，100万级的净化实验室，用于有源植入物专用电路和整机的性能和可靠性测试。这个平台同时可以作为有源植入式功能电刺激治疗系统的研究工作的全方位支撑平台，在此实验平台上，该所还研制出了深部脑刺激器（DBS）实验室样机以及动物用深部脑刺激器。小动物DBS装置已成功应用于大鼠深部脑刺激对药物依赖性作用机理的基础研究中。
该所和美国加利福尼亚大学洛杉矶分校合作，建立了心脏电生理研究用的电压敏感性光标测系统，为验证计算机仿真结果和实时观测分析心脏电兴奋扩佈过程提供了实验手段。在心脏电生理研究方面参与了多项国家自然科学基金、国家攻关和国际合作项目。在心律失常的工程分析方面，建立了基于细胞膜跨膜电位和离子通道特性等实验数据的心脏电兴奋扩布过程的数学模型和计算机仿真平台，为定量分析心律失常发生机制提供了工程手段。
在生理参数测量和检测方面，该所从2004年开始承担有多项有关无创血氧检测方面的自然科学基金课题和横向课题，其中“数字式血氧监护模块研制”，“动态血氧监护模块研制”，“脉搏血氧定标校验仿真系统研制”， “指套式脉搏血氧仪研制”“脉搏血氧仿真模型的建立和脉搏血氧仪定标方法的研究”。该系列研究的部分技术已转让深圳，西安和河北等公司形成产品。其中《脉搏血氧仪校准装置的研制》 2010年获中国人民解放军总后勤部科技进步三等奖。
