西安交通大学医学部基础医学院面向国家重大需求、瞄准国际前沿，致力于围绕重大疾病的关键问题和医学研究前沿开展科学研究，在神经科学研究、心脑血管疾病的发病机理及药物干预研究、感染与炎症性疾病免疫学研究、肿瘤发病机制及防治研究、遗传发育与生物信息学研究、病原生物学研究及医工交叉研究等多个方向上形成了自己的研究特色，在科研平台建设和科研成果等方面取得重要进展，科技创新能力不断增强，科研实力显著提升。

学科建设方面学院拥有生理学国家重点学科，依托“环境与疾病相关基因”教育部重点实验室，以创新研究和前沿技术引领学科发展，以优势学科带动传统学科，推进基础医学与生命科学、临床医学交叉融合，形成以重要医学问题为主线的学科平台体系。学院注重发挥现有特色学科优势、拓宽研究方向、适应生命科学与医学的发展，更好地服务于西部，为提高我国人口素质和健康水平做出贡献。

科研成果方面学院瞄准学科前沿，聚焦重大基础医学问题开展科学研究，重视学科研究和成果转化。自2010年至今，学院各学科承担国家重大重点项目10余项，国家自然科学基金项目195项；共发表SCI论文1000余篇；获省部级奖10余项；获批国家发明专利20余项。

科研基地建设方面学院努力推进各类创新平台的建设，进一步加大开放力度，提高资源设备的利用率。依托“环境与疾病相关基因”教育部重点实验室，整合优势资源，筹建转化医学研究院；加强血管生物力学国际合作联合实验室和炎症生物学国际合作联合实验室等平台的建设，积极推动省部共建及省部级重点实验室等的建设，加强公共科研支撑平台建设，扩大基础医学学科与理工学科、人文社会学科的交流合作，鼓励转化医学研究、医工交叉研究及校内外联合研究，提高科研水平。

对外交流合作方面学院积极推进国际科技合作，加强国际合作实验室建设，深化和拓展与世界一流大学、研究机构的合作交流。心血管研究中心协办的长安国际心血管病论坛每年都会吸引国内外众多专家、教授的参与，在国际心血管病研究领域有一定的影响力。此外，进一步扩大与国内外院校的交流合作，聘请国内外专家学者讲学或开展合作研究，与国内外高水平大学联合建立科研中心，共同开展更高目标、更深层次、更宽领域的科学研究。通过举办学术讲座和来访教授的学术报告以及教授论坛等学术活动，营造良好的科研氛围，不断提高我院的学术水平。

科研工作是学院的中心工作之一，学院以创建一流基础医学学科为目标，紧紧抓住中国西部科技创新港建设和一流大学建设的机遇，凝心聚气，开拓创新，立足“三个面向”，为不断提升基础医学学科水平而奋力拼搏。